Za lakši rad u Linuxu potrebno je razumeti fajl sistem. Bilo da je reč o hardverskom uređaju, particiji ili običnim direktorijumima i datotekama, na Linux sistemu se svi oni predstavljaju kao fajlovi.
Organizacija fajlova u direktorijumima na Linux sistemu urađena je u skladu sa FHS - Filesystem Hierarchy Standardom, a kratak opis direktorijum je dat u daljem tekstu.
/ - oznaka za root direktorijum, tj. direktorijum najvišeg nivoa. Svi ostali direktorijumi se nalaze ispod ovog direktorijuma
/bin - sadrži osnovne programe koji mogu da se pozivaju iz komandne linije.
/boot - sadrži komande i fajlove potrebne za butovanje Linux sistema
/dev - sadrži listu dostupnih drajvera i uređaja
/etc - sadrži osnovne konfiguracijske fajlove sistema i aplikacija
/home - sadrži osnovne direktorijume svih korisnika, osim root korisnika. U osnovnom direktorijumu korisnik se pozicionira uvek kad se loguje na sistem
/lib - sadrži programske biblioteke koje se koriste za rad različitih programa
/mnt - sadrži mauntovane medije, na pr. flopi, CD-ROM,...
/proc - sadrži pokrenute procese koji se odnose na kernel
/root - osnovni direktorijum root korisnika. Root korisnik se posle logovanja pozicionira u ovom direktorijumu
/sbin - sadrži komande potrebne za administraciju sistema
/tmp - namenjen je za privremeno čuvanje fajlova
/usr - sadrži programe, komande i podatke koje su dostupne svim korisnicima
/var - sadrži promenljive, log fajlove,...
Kada se Linux sistem instalira, moguće je sve ove direktorijume mauntovati na jednu particiju. Bolje rešenje je da se određeni direktorijumi mauntuju na posebnoj particiji. U slučaju da se ta particija prepuni, Linux sistem bi i dalje mogao da obavlja osnovne poslove.